프로톤은 기본 레벨에서 슬라이딩 타일 퍼즐로, 다른 슬라이딩 타일 퍼즐과 다를 바 없다. 하지만, 전통적인 숫자 대신, 프로톤은 두 개의 선 - 빨간색과 흰색 - 다양한 방향으로 가는 것을 묘사한 여러 개의 타일을 가지고 있다. 이 아이디어는 한 플레이어가 다른 플레이어보다 먼저 자신의 컬러 엔드포인트 중 하나를 다른 컬러 엔드포인트에 연결하려고 시도한다는 것이다. 이를 위해, 플레이어들은 돌아가면서 한 타일을 옮기지만, 상대방의 움직임을 되돌릴 수 없다.

Proton is, at its basic level, a sliding tile puzzle no different than any number of sliding tile puzzles (like those annoying little things you can get at Stuckey's with numbers from 1 to 15). However, instead of the traditional numbers, Proton has several tiles depicting two lines - one red and one white - going in various directions. The idea is that one player tries to connect one of his own colored endpoints to the other of his colored endpoints before the other player does. To do this, the players take turns moving one tile each, but not being able to take back their opponent's move.