그림자 왕좌는 왕국과 왕실이 극심한 내전으로 분열된 아클리미아 제국에서 일어난다. 키로스 왕은 수단과 방법을 가리지 않고 권력을 쥐었다; 그의 별거중인 엘레프테리아 여왕은 정복민들의 반란에 가담했다; 그리고 그들의 딸인 베아투스 공주는 교회와 함께 싸우는 것을 거부하였다.

선수들은 비밀결사의 일원으로서 아크리스미아의 운명에 큰 영향력을 행사하지만 일을 바로 잡는 게 임무가 아니다. 그들은 단지 싸움이 끝났을 때 이기는 편에 서고 싶을 뿐이다. 마키아벨리아 동맹군을 조직하고 중요한 전투의 결과를 결정함으로써, 그들은 전쟁이 마침내 해결되었을 때를 위한 영향력을 축적한다.

그림자 왕좌는 여러 전투의 과정을 거쳐 진행된다. 각 전투를 시작하기 위해 플레이어는 카드 패를 만들어 서로 싸우는 파벌의 캐릭터들을 통제하게 된다. 다음으로, 플레이어들은 동시에 그들의 손에서 카드를 꺼내서 어느 파가 전투에서 승리할 것인지를 결정한다. 플레이어는 어느 파벌에서든 자유롭게 동맹을 바꿀 수 있다. 전투가 끝난 뒤 가장 많은 권력을 가진 파벌이 승리하고, 그 파벌의 카드 게임을 한 플레이어들이 영향력 포인트를 모은다. 한 선수가 충분한 영향력을 모으면 게임은 끝난다.

Shadow Throne takes place in the Aclysmian empire, where the kingdom and royal family are torn apart in a bitter civil war. King Kyros clings on to power by any means necessary; his estranged Queen Eleftheria has joined a rebellion of conquered people; and their daughter, Princess Beatus, has rejected both of her parents to fight alongside the church.

The players, as members of a secret society, wield great influence over the destiny of Aclysmia, but their job is not to set things right. They just want be on the winning side when the fighting ends. By weaving Machiavellian alliances and determining the outcome of crucial battles, they accrue influence for when the war finally resolves.

Shadow Throne is played over the course of several battles. To start each battle, players gain control over characters from the warring factions by drafting a hand of cards. Next, players simultaneously play cards from their hands to determine which faction wins the battle. Players can freely switch alliances, playing cards from any faction. After the battle is fought, the faction with the most power wins, and players who played cards from that faction collect influence points. Once one player has collected enough influence, the game ends.