결론부터 말하면 E는 다 섞어도 됩니다. 오히려 이쪽이 보편적이죠.  E덱 중에서도 '기초 카드'라고 하여서, '게임을 처음 시작할 때는 이 기초카드만 가지고 시작하세요!'라는 카드 구성이 있습니다. 처음 게임을 개봉하였을 때, 라운드 카드와 같이 비닐에 포장된 E덱 카드가 이 기초카드 70장입니다.  보드게임긱의 관련 스레드를 첨부합니다. (http://www.boardgamegeek.com/thread/332938/composition-starter-e-deck-2nd-ed) 영어에요.. 안 읽어보셔도 문제 없습니다ㅋㅋ

E I K 덱은 기본덱입니다. 따로따로 하시는 것보다는 다 섞어서 하시는 것을 추천합니다.
확장팩을 해도 E I K 를 섞어서 하시면 됩니다.

참고로 처음에 나누어져있는 덱은 E I K로 나뉜게 아닙니다(...) E, I, K 각각의 표지 카드때문에 헷갈리실 수 있는데 그건 나중에 카드 나누어 놓으라고 들어있는 카드이고 처음에 포장되어있는 건 카드 번호순이기때문에 E I K가 막 섞여 있습니다. 결론적으로는 윗분들 말씀대로 원하시면 섞어서 하시면 되고 아니라면 각각 덱을 분리하셔도 됩니다. E는 기초카드, I는 상호작용카드, K는 복합카드입니다. 초심자는 E덱만 가지고 하시는게 좋긴 하죠. 나중에 가면 결국 다 섞게 됩니다.

개인적으로 초심자는 I덱은 빼고 E+K덱으로 하는 게 좋다고 봅니다.I덱은 상대적으로 다른 플레이어들 행동이나 사용카드에 크게 영향을 받는 카드들이 많아서요.