3/3생물이 1/1생물로 바뀌었을뿐 그 위에 폭풍성장과 장비의 능력치는 변하지 않습니다 1/1 +3/+0 +3/+3 7/4가 됩니다.

나중에 쓴 주문이 먼저 해결됩니다.
그것이 스택 시스템입니다.

개구리 만들기 라는 카드로 스택 개념을 설명하기는 좀 뭐하네요.

스택에 대해 조금 더 알기쉽게 설명을 드리겠습니다.
컵이나 그릇이 있다고 생각을 하시고,
아랫면의 면적과 비슷한 물건을 몇개 집어넣게 되면
물건이 뒤섞이지 않고 순서대로 쌓이겠죠?
1,2,3,4,5 의 순서로 물건을 넣었다고 칩시다.

｜ 5 ｜
｜ 4 ｜
｜ 3 ｜
｜ 2 ｜
｜ 1 ｜
￣￣￣￣
위와 같은 순서로 쌓이게 되겠죠?
그럼 반대로 집어넣은 물건을 다시 꺼낸다고 생각을 해 봐요.
5,4,3,2,1의 순서로 꺼내게 되겠죠?

스택 설명이 끝났습니다.

그릇은 스택존이고 1~5는 스택에 쌓인 주문이나 능력입니다.
나중에 쌓인것부터 해결된다고 생각하시면 되요~

위의 질문을 다시한번 짚어 보겠습니다.

마법물체의 활성화 능력으로 공격력을 늘려준다는 것인지
아니면 마법물체 장비인 대검같은걸 장착하여 공격력을 늘리는 것인지
명확하지가 않아 활성화 능력을 사용한다는 가정하에 설명드릴게요.
장비Equipment 장착Equip은 어차피 본단계Main Phase에서만 가능한 행동이니까요.

작성하신대로
3/3 생물이 있고 전투전 본단계에 +3/+0, 폭풍성장으로 +4/+4,
그리고 거기다 개구리로 변신(목표 생물을 1/1로 바꿈)을
"스택을 쌓아가며" 순서대로 사용하였다면

계속 전투전 본 단계에서 모든 행동이 해결되며
개구리로 변신(3/3 -> 1/1), 폭풍 성장(1/1 -> 5/5),
마법물체의 활성화 능력(5/5 -> 8/5)의 순서로 스택이 해결됩니다.
결국 전투전 본 단계에서 3/3 생물은 8/5 생물로 변하게 됩니다.

스택 개념이 조금 더 이해 되셨는지 모르겠네요 :-)

개구리로 변신 카드는 생물 자체를 1/1크리처로 바꿉니다. 마법물체나 순간마법 주문등으로 올라간 능력치는 1/1크리처 위에 올라가는데 이건 스택개념이랑은 좀 다른문제 입니다.