안녕하세요, 차하월 님. 담당자에게 문의해보니 아래와 같은 과정을 거쳤다고 합니다.
1. 국내 학명에 맞춤
2. 서울 대공원에 해당 동물이 있으면 해당 동물명에 맞춤
3. 멸종 보호 동물 사이트 등 관련 사이트에서 가장 많이 사용되는 명칭으로 검수
감사합니다.

언테임드님의 댓글에 첨언합니다. 언테임드님의 말씀대로 동물 명칭을 저희가 임의로 정하는 경우는 아주 드뭅니다.
우선적으로는 정부 기관, 백과사전, 동물원 등에서 정한 명칭을 따르며, 그런 명칭이 없는 경우 그 다음으로는 신문, 잡지 등에 자주 실리는 이름을 채용합니다. 유러피안폰드터틀(영문명: European pond turtle / 학명: Emys orbicularis)의 경우 정부와 백과사전, 동물원 등에서는 그 이름을 찾을 수 없었기에, 파충류 전문 잡지에 실린 명칭을 따왔습니다. 참고가 되셨으면 좋겠습니다.

아하 그런 과정이 있는거군요. 상세한 답변주셔서 감사합니다~~!!