안녕하세요.
깃발 세우는 것을 잊었더라도 통행료를 받을 수 있습니다.
문의글의 내용( "구입한 유저가 증서만 가져가고..." )을 보면 도시를 구입한 것을 인정하는 부분이기 때문입니다.
이 경우 최저 통행료인 깃발의 금액으로 받을 수 있습니다.
일반 도시의 경우에도 마찬가지입니다. 땅만 구입해 깃발을 세우지 않은 경우에도 도시 구입에 대한 것을 다른
플레이어가 모두 인정하는 경우라면 통행료를 받아야 합니다.

다르게 이야기 하면 다른 유저가 인정하지 않는 또는 인정할 수 없는 부분에 대해서는 받을 수 없다고 할 수 있겠습니다.

행동을 잊어서 발생하는 상황에 대해서는 플레이어간의 상호협의로 진행하시면 될 것 같습니다.