재미있는 지적이네요... 저도 그런 경우가 많이 발생하지 않아서 간과하고 있던 부분이기는 한데....
궁금해서 리오그란데사의 홈페이지에 가서 직접 룰북을 다운받아 해당 부분을 다시한번 파악해보았습니다.
결과적으로는 딴지님이 알고계시는 룰이 맞습니다.

- When a player loads goods of a kind, he must load as many of that kind as he can. A player cannot hold back goods when there is space on a ship carrying the kind of goods he has. If a player has a kind of goods that can be loaded on several empty ships, he must choose the ship where he can load the most goods, leaving none behind, if possible.
플레이어가 한 종류의 상품을 선적할 때, 그는 가능한한 그 종류의 상품을 최대한으로 선적해야 합니다. 플레이어는 그가 가진 해당 종류의 상품을 운반하는 배의 공간이 있을 때 그 상품을 남길 수 없습니다. 만약 플레이어가 한 종류의 상품을 선적할 수 있는 여러개의 빈 배가 있다면, 그는 가능한 반드시 그 상품을 최대로 선적할 수 있는 배를 선택해야만 합니다.

또한 그 아래에 다음과 같은 또다른 설명이 있었습니다.

- If a player has several kinds of goods that he can load, he may choose freely, which goods to load. He need not choose the goods that would allow him to load the most barrels.
만약 플레이어가 선적을 할 수 있는 여러 상품을 가지고 있다면, 그는 선적할 상품을 자유롭게 선택할 수 있습니다. 그는 가장 많은 통을 선적할 수 있는 상품을 선택할 필요는 없습니다.

결과적으로 정리하면 다음과 같겠네요...
여러 상품을 선적할 때 어떤 상품이든 선택할 수는 있지만 배는 반드시 (빈 배가 여러개라면) 해당 상품을 최대한으로 선적할 수 있는 배를 선택해야 하겠네요.

pc 프로그램을 누가 어떻게 만든 것인지는 모르겠지만 말씀하신 상황에서 공식룰대로 하면 6개짜리에 선적해야 하는 것이 맞겠네요...

헛 처음 안 사실이네요;;;

그런데 ios 푸에르토리코에서도 배 선택 제한 없이 아무렇게나 선택할 수 있었던 것 같네요.

역시 좀 헷갈리네요. 만약 옥수수가 5개 있고 배가 4, 5, 6짜리 다 비어있다면 6짜리 배에만 넣어야 한다는 뜻인가요? 5짜리 배도 되겠죠?

//Mariee님 네 최대한 선적이 가능하게 하는 배를 선택해야 하므로 5, 6 둘다 가능하겠네요.. 가장 큰 배가 아닌 선적을 최대한 다 할 수 있는 배를 선택하는 것이니까요..^^

모두들 답변 감사합니다.
많은 도움이 되었네요 ^^

//보드게임메니아님 감사합니다. 이제 명확하네요.